Han var till en början en följare av kadam, tog lekmannalöften under den fjärde karmapan (ledaren för inriktningen karma-kagyü). År 1372 reste han till centrala Tibet för att söka efter mer avancerad buddhistisk kunskap. Där blev han en lärjunge till en forskare inom inriktningen sakya, men gick sedan vidare till andra inriktningar och lärare. Tsongkhapa följde periodvis många av de ledande forskarna och religiösa ledarna under hans tid. Han ansågs vara mycket begåvad inom både sutra och tantra. Han sägs enligt de traditionella biografierna om honom ha fått visioner av mästare såsom Nagarjuna och bodhisattvan Manjusri.[4]