Cecil ansågs till begåvningen vara en medelmåtta och hölls därför under faderns livstid i skymundan av denne. År 1599 blev han styresman i norra England (president of the council of the north), och företog där en formlig jakt på papister. Senare, 1601 blev han i London i tillfälle att ta en ledande del i Essex fängslande vid dennes bekanta upprorsförsök. Han upphöjdes av Jakob I1605 till earl av Exeter.