År 1809 fanns hon med på en lista över europeiska prinsessor som Napoleon I eventuellt skulle kunna gifta sig med efter skilsmässan från Joséphine de Beauharnais. Napoleon gifte sig dock med Marie Louise av Österrike i april 1810. Den 12 oktober 1810 gifte sig Therese med kronprins Ludvig av Bayern. Bröllopsfestligheterna pågick i flera dagar på en äng utanför en av stadsportarna och gav upphov till den årligen återkommande Oktoberfest på Theresienwiese i München.
Drottning
När Ludvig övertog tronen 1825 blev Therese drottning av Bayern. Hon var mycket populär och betraktades som en idealbild av en god mor, lydig hustru och barmhärtig drottning. Hon var involverad i mängder av sociala projekt och välgörenhetsorganisationer för fattiga, änkor och föräldralösa. Hon hade ett visst politiskt inflytande och deltog i en del politiska frågor.
Hon plågades dock svårt och kände sig förödmjukad över makens ständiga otrohet och tvekade inte att demonstrera detta: 1831 reste hon bort under en av hans kärleksaffärer, 1846 vägrade hon tala med honom.
1848 uppkom det oroligheter, åtminstone delvis på grund av hans förhållande med den irländska dansösen Lola Montez vilket ledde till att han den 20 mars 1848 avsade sig kronan. Therese hade dessförinnan fått finna sig i att Lola upphöjdes till grevinna av Landsberg och fick ett eget hus; hon möttes med stor sympati av allmänheten under denna affär.
