Den första kyrkan på platsen började uppföras i trä omkring 1219, men ersattes snart av en stenkyrka, som stod färdig 1240. Samma år etablerade den danske kungen Valdemar SejrBiskopsdömet Reval. Domkyrkan var säte för de katolska furstbiskoparna av Reval fram till reformationen i Livland och Estland och den påföljande svenska ockupationen 1561.