Efter det ryska nederlaget i det rysk-japanska kriget avträddes järnvägen till Japan i freden i Portsmouth den 5 september1905. Japan fick också jurisdiktion över järnvägszonen som sträckte sig 62 meter ömse sidor om järnvägen. Den 7 juni1906 ombildade den japanska regeringen järnvägen till ett eget järnvägsföretag, Minami Manshu Tetsudo Kabushiki-kaisha.[1]
Eftersom japanska medborgare och företag hade exterritoriella rättigheter i Kina kom den sydmanchuriska järnvägen att åtnjuta en särställning i Manchuriet och skyddades av japanska trupper i regionen och en egen polisstyrka. Efter 1916 började företaget satsa på en rad binäringar som stål, keramik, olja och spannmål, och blev centrum för ett japanskt affärsimperium i regionen. Fram till 1925 bedrev man även de koreanska järnvägarna.
Changchun förblev centrum spårviddsväxling mellan normalspår och ryskt bredspår ända in på 1930-talet, då den Sydmanchuriska järnvägen tog över hela den Östra kinesiska järnvägen och konverterade den till normalspår.
Efter den japanska lydstaten Manchukuos bildande 1931 fick Sydmanchuriska järnvägen en ännu mer central betydelse för de japanska intressena i Nordkina. Som en följd av det andra kinesisk-japanska kriget upplöstes den särskilda järnvägszonen den 5 november1937.
Elleman Bruce A., Kotkin Stephen., red (2010) (på engelska). Manchurian railways and the opening of China: an international history. Armonk, N.Y.: M.E. Sharpe. Libris12447149. ISBN 978-0-7656-2514-4
Itô, Takeo. Life Along the South Manchurian Railway: The Memoirs of Itô Takeo. Översatt till engelska av Joshua A. Fogel. Armonk, NY: M.E. Sharpe, 1988.
Young, Louise (1998) (på engelska). Japan's total empire: Manchuria and the culture of wartime imperialism. Twentieth-century Japan ; 8. Berkeley: University of California Press. Libris12466508. ISBN 0-520-21071-9