Lindqvist är känd för utgrävningen av Ottarshögen och hans genomgång av fynden från och stratigrafin i Uppsala högar, publicerade 1936, samt en monografi om Gotlands bildstenar från 1942. Tillsammans med seminariet i nordisk fornkunskap vid Uppsala universitet utvecklade han nya utgrävningsmetoder i arbetet med båtgravarna vid Valsgärde.
Lindqvist anklagades under 1990-talet för att ha haft nazistiska sympatier. Arkeologen Magnus Alkarp som forskat kring den nazityska infiltrationen av den svenska arkeologin menar att detta är felaktigt.[5] Lindqvist var en varm tyskvän, men antinazist. Våren 1940 blev han den ledande gestalten i ett informellt nätverk som motarbetade det nazistiska flyktingspionaget i Uppsala. Han gömde åtskilliga judiska och politiska flyktingar på olika platser i Sverige, främst i Värmland och Dalarna, men också i sitt hem, vilket man uppmärksammade i Berlin.