Piren byggdes under åren 1844–1845 och fick sitt nuvarande namn 1883. På denna plats fanns tidigare en till hälften så bred träbrygga, vilken var en av stadens första kajanläggningar. Härifrån utgick förr alla skärgårdsbåtar. Stora Bommens Hamn låg direkt nordost om Stenpiren, vid infarten till Stora Hamnkanalen. Den 24 oktober 1893 föreslogs att "-- det å yttre ändan af stenbron måtte anbringas en lanterna med rödt sken, hvilken blifver lysande åt alla sidor, jemväl inåt bron, för att tillika utgöra en väl behöflig varning för vandrare å densamma." Detta även på grund av "--ständiga klagomål, i synnerhet af befälhafvare å ångfartyg, hvilka nattetid ankomma och hafva anvisade tilläggningsplatser vid någon af broarne vid Stora Bommen,--."[1]
När Stenpiren blev för trång byggdes 1922, precis väster om denna, Träpiren vilken revs med början 4 februari 1954.[2]
Då Götaverken 1973 behövde mer svängrum vid sin flytdocka samt då segelrännan måste flyttas, kapades Stenpiren med 42 meter. Dess nuvarande kajlängd är 215 meter och vattendjupet 3–6 meter.[3] År 1900 var dess längd 151 meter, medelbredden var 16 meter och ytan 2 416 kvadratmeter.[4]
"Marstrandsbolaget" och "Bohuslänska kusten" hade här sina ångare förtöjda.[5]