Stefan Nilsson utbildade sig till socionom och företagsekonom. Han är chefredaktör för webbtidningen Mat & Klimat.[3] Han var vd och chefredaktör för nyhetstidningen Miljömagasinet från juli 2018 till september 2019.
Nilsson var åren 2006–2018 politiker. Åren 2006 och 2014 var han gruppledare för Miljöpartiet i Stockholms stads kommunfullmäktige, där han var huvudansvarig för partiets socialpolitik. Från 2014 var han statsrådsersättare för Per Bolund i riksdagen.[4] Som riksdagsledamot var han socialpolitisk och folkhälsopolitisk talesperson.
Under #metoo-kampanjen 2017 anklagades Nilsson för trakasserier, som han nekade till.[5][6] Han uppmanades av Miljöpartiet att lämna sina politiska uppdrag.[7] Nilsson lämnade Miljöpartiet i november 2017 och blev partilös ledamot i riksdagen.[7] I slutet av februari 2018 begärde han att åter betecknas som miljöpartist i riksdagen;[8] i en skrivelse till riksdagen uppgav han att han åter blivit medlem i Miljöpartiet 11 januari 2018.[9] En tidigare partikollega dömdes den 2 december 2019 av Södertörns tingsrätt för grovt förtal av Nilsson.[10][11]