Församlingen utgjorde under medeltiden ett eget pastorat, var därefter till 1 maj 1928 moderförsamling i pastoratet Skeppsås och Älvestad. Församlingen var mellan 1 maj 1928 och 1962 annexförsamling i pastoratet Fornåsa, Lönsås, Skeppsås och Älvestad. Från 1962 till 1974 var den annexförsamling i pastoratet Normlösa, Vallerstad, Skeppsås och Älvestad samt från 1974 till 2008 annexförsamling i pastoratet Skänninge, Allhelgona, Bjälbo, Järstad, Normlösa, Vallerstad och Skeppsås.[2] Den 1 januari 2010 uppgick församlingen i Skänninge församling.[3]
Församlingskod var 058609.
Kyrkoherdar
Lista över kyrkoherdar. Prästbostaden låg vid Skeppsås kyrka.[4]
^ [ab] Meurling, Erik; Johan Alfred Westerlund, Johan Axel Setterdahl (1916-1917). Linköpings stifts herdaminne. 2. Linköping: Östgöta Correspondentens Boktryckeri AB. sid. 210-222. Libris41148
^Göransson, Nils (1994). Klockare och organister i Linköpings stift II. Stålgården förlag. Libris1814728. ISBN 91-87362112