Under slaget den 26 juli 1644 skadades Scepter då hon besköts från Griinde skans. Närmast skansen låg Smålands Lejon som först träffades, därefter riktades kanonerna mot Scepter som låg strax intill. Fleming som vid tillfället stod i sin kajuta och "tvättade sina händer och sitt ansikte" träffades av en rikoschettkula, högra låret slets av och betjänten som höll i tvättfatet dödades. Fleming dog av sina svåra skador ombord på sitt eget amiralsskepp och hans ansvar över svenska flottans örlogfartyg överläts till Erik Ryning.