Den här artikeln behöver källhänvisningar för att kunna verifieras. (2020-06) Åtgärda genom att lägga till pålitliga källor (gärna som fotnoter). Uppgifter utan källhänvisning kan ifrågasättas och tas bort utan att det behöver diskuteras på diskussionssidan.

San Marinos MotoGP 2009 kördes den 6 september på Misano World Circuit.

Plats	Förare	Märke	Grid	Kvaltid
1	Valentino Rossi	Yamaha	1	1.34,338
2	Jorge Lorenzo	Yamaha	3	1.34,808
3	Dani Pedrosa	Honda	2	1.34,560
4	Andrea Dovizioso	Honda	8	1.35,492
5	Loris Capirossi	Suzuki	10	1.35,565
6	Toni Elías	Honda	4	1.34,907
7	Mika Kallio	Ducati	11	1.35,601
8	Marco Melandri	Kawasaki	12	1.35,785
9	Chris Vermeulen	Suzuki	13	1.35,790
10	James Toseland	Yamaha	14	1.36,070
11	Aleix Espargaró	Ducati	15	1.36,228
12	Randy de Puniet	Honda	9	1.35,554
13	Niccolò Canepa	Ducati	16	1.36,264
14	Gábor Talmácsi	Honda	17	1.37,091
15	Colin Edwards	Yamaha	5	1.35,184
16	Nicky Hayden	Ducati	6	1.35,223
17	Alex de Angelis	Honda	7	1.35,343

Colin Edwards kom inte i mål, och fick därmed inga poäng.