Fadern ville att Roberto skulle hänge sig åt en politisk karriär, men han infriade istället moderns önskan om att han skulle bli jesuit. Han studerade vid Collegio Romano 1560–1563 och därefter hos jesuiterna i Florens och Mondovì. Vid universitetet i Padua fördjupade sig Bellarmino i thomistisk teologi och vid universitet i Louvain studerade han bibelvetenskap och patristik. Då Pius V hade infört regeln att ordensmän skulle avlägga sina löften före prästvigningen, avlade Bellarmino sina ordenslöften i januari 1570 för att prästvigas några månader senare.
År 1570 utnämndes Bellarmino till professor i teologi vid universitet i Louvain. Hans hälsa blev lidande av för intensiva studier och sträng asketism och 1576 reste han tillbaka till Italien för att rekreera och vila sig. Påve Gregorius XIII erbjöd honom att undervisa i polemisk teologi vid Collegio Romano,och Bellarmino accepterade detta. Under denna tid växte hans apologetiska verk, Disputationes de Controversiis Christianae Fidei adversus huius temporis hereticos, fram. Disputationes var det dittills främsta verket rörande den katolska trons försvar mot den protestantiska läran.
Farmer, David Hugh (1992) (på engelska). The Oxford Dictionary of Saints. Oxford Reference (3 ed.). Oxford: Oxford University Press. sid. 44–45. ISBN 0-19-283069-4
Rengers, Christopher (2000) (på engelska). The 33 Doctors of the Church. Rockford, Illinois: Tan Books & Publishers. ISBN 0-89555-440-2
The Book of Saints: A Dictionary of Servants of God. 6th ed. London: Cassell 1994. ISBN 0-304-34357-9
