I naturreservatet finns lövskogar, barrskogar och gräsmarker. Där växer ramslöken som blommar i maj och juni. Där växer även Jungfru Marie nycklar, trolldruva och blåsippa. Skogen innehåller en hel del död ved. Klibbalskogen i fuktigare delar domineras av lövträd som klibbal och ask.
I reservatets östra del finns små ytor med öppna gräsmarker. Där finns skärmstarr och bäckbräsma.
Skagens naturreservat ingår i EU:s nätverk av skyddade områden, Natura 2000.