I ungdomen tjänade Prospero Alpini i den milanesiska armén, men 1574 började han studera medicin vid universitetet i Padua. Efter att ha erhållit din doktorsexamen 1578, slog han sig ner i Campo San Pietro, en liten stad i Paduas omgivning. Det var emellertid botaniken han var hågad för, och i syfte att öka sin kunskap om exotiska växter reste han till Egypten1580, och vistades hos George Emo eller Hemi, den venetianske konsuln i Kairo.
Han tillbringade tre år i Egypten, och genom sitt arbete med dadelpalmer han observerade i landet, synes han ha dragit slutsatsen om sexualsystemet, som Carl von Linnéssexualsystem utgår från. Han skriver "Honliga plantor inte bär frukt så vida inte honliga och hanliga plantor blandas; eller som vanligen är fallet, att dammet från den manliga baljan eller manliga blomman strös över den honliga blomman."
Vid sin återkomst var han under en tid läkare åt Andrea Doria i Genua, och 1593 utsågs han till professor i botanik i Padua, där han senare avled. Hans son, Alpino Alpini (d. 1637) efterträdde honom som professor.
^Dizionario Biografico degli Italiani, 1960, Dizionario Biografico degli Italiani: prospero-alpino, läs online, läst: 22 februari 2016.[källa från Wikidata]
^Alpini, Prospero, Encyclopædia Britannica 1911, ”... was born at Marostica, in the republic of Venice, on the 23rd of November 1553.”.[källa från Wikidata]
^ [ab] Alpini, Prospero, Encyclopædia Britannica 1911.[källa från Wikidata]
^Dizionario Biografico degli Italiani, 1960, läs online, läst: 22 februari 2016.[källa från Wikidata]
^unknown value, Альпини, Проспер, Entsiklopeditjeskij slovar'.[källa från Wikidata]
^Dizionario Biografico degli Italiani, 1960, Dizionario Biografico degli Italiani: prospero-alpino, läs online.[källa från Wikidata]