Han var mellan 2007 och 2010 programledare för Medierna i Sveriges Radio P1, ett program han var med och grundade. Från 2010 har han arbetat som reporter på SVT:s Uppdrag granskning. Hösten 2023 blev han redaktör för grävande journalistik i nättidningen Kvartal.[1] Men sedan 2024 är han tillbaka på Uppdrag granskning och arbetar också som producent på Studio ett i P1.
Ljunggren var redaktör för boken Tystade röster (2007).
Under våren 2013 var Petter Ljunggren programledare för intervjuprogrammet Min sanning i SVT[2]. Han har också varit programledare för SVT:s debattprogram ”Opinion Live”.