Efter studier bland annat för Friedrich Schleiermacher och Friedrich Hegel blev han filosofie doktor i Göttingen. Från 1834 höll han föreläsningar i Köpenhamn och blev teologie licentiat på en avhandling i vilken han dogmatiskt utredde Grundtvigs åskådning. Kierkegaard var kyrkoherde i Pedersborg och Kindertofte 1842–1856, biskop i Aalborgs stift 1856–1875 samt kultusminister 1867–1868, en post Kierkegaard avgick från sedan hans förslag till Valgmenighedslov föll. Åren 1868–1870 var han medlem av kyrkokommissionen. Kierkegaard var en av förgrundsgestalterna i den danska kyrkan. Under sina sista år försjönk Kierkegaard i tungsinne, vilket övergick i sinnessjukdom.[3] Som psalmförfattare finns han representerad i danska Psalmebog for Kirke og Hjem.
