Perugia är en klubb som har haft stora ekonomiska problem de senaste åren och 2005, när klubben ombildades från A.C. Perugia, fick man det nya namnet Perugia Calcio. 2010 gick klubben i konkurs igen och när klubben ombildades på nytt blev det till att börja om från noll i Serie D. Säsongen 2013/14 spelade klubben i Lega Pro Prima Divisione. Säsongen 2016/17 spelade man i Serie B. 2020/21 spelade man i Serie C grupp B.