Ormsös historia går tillbaka till tidig medeltid då de första nybyggarna bosatte sig på ön. Dessa var sannolikt estlandssvenskar, vilka dominerade ön fram till andra världskriget. På 1930-talet var antalet estlandssvenskar omkring 3 000 på ön. Ormsö kom 1628 i släkten De La Gardies ägo för att senare övergå till släkten Stackelberg.
"I början av juli denna sommar kom en liten båt inseglande i Stockholmsskären. Den var långväga ifrån, längre än man i början kunde ana, och den kom i ett ärende, som djupt skulle gå varje svensk till hjärtat.I båten sutto fem män med allvarliga ansikten, och när de kommo i land och man frågade dem vilka de voro, svarade de på ren svenska:- Vi äro svenska bönder från Vormsö. Vi äro fria svenska bönder, det är vår stolthet, vårt förnämsta goda. Våra lagar och privilegier äro bekräftade av edra konungar och de ryska tsarena, men vi få icke njuta av dem."
År 1861 uppmärksammades rikssvenskarna att det fanns en svenskspråkig minoritet i Estlands kustbygd. Detta då det kom fem ormsöbönder med öppen båt till Stockholm för att klaga hos Sveriges kung, Karl XV gentemot öns egenmäktige godsägare, baron Stackelberg, som huserade på Magnushov, för de övergrepp de drabbades av. Några direkta lättnader fick man inte, även om ett visst diplomatiskt arbete sattes igång genom den svenska regeringens försorg, men det var början på ett utökat samarbete mellan estlandssvenskarna och människor i Sverige som fortgick fram till den stora massflykten till Sverige 1944.[2][3]
Under den sovjetiska perioden 1944–1991 tillhörde Ormsö en militär gränszon som var stängd även för sovjetmedborgare och kunde endast besökas av dem som hade särskilt utfärdade inrikespass.[4]
Etymologi
Förledet anses innehålla det svenska personnamnet Orm. Tolkningen ’’ön med ormar’’ betraktas som ren folketymologi. Tyskarna anpassade det svenska namnet i sitt språk genom att foga till ett W-. I den formen lånade esterna in det.[5]