Den 13 februari 1996 inledde man vad maoister kallar för ett folkkrig och erövrade stora delar av landet. Inbördeskriget fick ett slut i och med det fredsavtal som slöts den 21 november 2006 mellan NKP (M) och centralregeringen i Katmandu. Avtalet innebar att NKP (M) inkluderades i den reguljära demokratiska processen i landet. Efter att ha blivit landets största parti i de allmänna valen utsågs partimedlemmen Prachanda till Nepals premiärminister, en plats som han lämnade i maj 2009 sedan president Ram Baran Yadav gett landets arméchef order att stanna kvar på sin post, trots att han sparkats av Prachanda.
Partiet bildade regering 2008-09, 2013-15 och 2016-17.[1]