Museiparken anlades på delvis utfylld mark och i samband med Nationalmuseums färdigställande. Fram till 1850-talet fanns här en kanal som skilde Blasieholmen från dess östligaste del som hette Kyrkholmen. Byggnadschefen för Nationalmuseibygget, fortifikationsingenjören Johan af Kleen, fyllde igen kanalen utan att ha tillstånd till det, varpå markägaren, Stockholms stad, länge tvistade om, hur den nyvunna marken kunde användas. Först i mitten på 1860-talet, när Nationalmuseum nästan var färdigbyggt, enades man om att anlägga Museiparken.