Filipović anslöt sig som kaplan till en Ustaša-brigad i Banja Luka, som i början av februari 1942 anföll de serbiska byarna Drakulić, Šargovac och Motike. Enligt vittnesmål skall Filipović egenhändigt ha skurit halsen av ett serbiskt skolbarn i Drakulić mitt framför läraren och skolkamraterna. Filipović beordrade därefter tolv Ustaša-män att i snön utanför skolan döda samtliga serbiska barn. Under massakern i de tre byarna mördades 2 730 serber, varav cirka 500 barn.
När den franciskanska ordensledningen fick vetskap om Filipovićs inblandning i massakern, valde man att genast utesluta honom ur orden. Det existerar dock inga officiella bevis för att Filipović verkligen uteslöts och exkommunicerades.
Filipović steg i graderna inom Ustaša och kom att bli känd under namnet Miroslav Majstorović. I juni 1942 utnämndes han till kommendant för koncentrationslägret Jasenovac i Kroatien. Under Filipovićs fyra månader som kommendant mördades i lägret tusentals serber, judar, kroater och romer.[1]
