Hans första stora mästerskap var VM 1999 där han slutade på tolfte plats. Efter det blev han nia vid VM 2001, på fjortonde plats vid EM 2002 och tolva vid VM 2005. Utöver det så deltog han i olympiska sommarspelen 2000 och 2004 utan större framgång. Han blev Norsk mästare på distansen 1 500 meter åren 2001, 2003 och 2004. På 5000 meter blev han Norsk mästare åren 2003 och 2005.
Efter ett misslyckat EM 2006 berättade Bakken att han skulle fokusera på sina studier i medicin.[1]