Maria Amalia var från början utsedd att gifta sig med Ludvig av Etrurien, som anlände till Spanien 1795 för att lära känna sin brud. Vid ankomsten fick dock Maria Amalias utseende honom att istället fria till hennes syster Maria Lovisa. För att bespara Maria Amalia förödmjukelsen av att bli offentligt bortvald på detta sätt, beslöt hennes föräldrar att snabbt arrangera ett eget äktenskap åt Maria Amalia, så att hon och hennes syster kunde gifta sig samtidigt. Den ende kungliga prins de kunde finna på så kort varsel var hennes farbror Anton, och de två paren kunde sedan gifta sig samtidigt.
Paret fick en pojke år 1798, som var dödfödd eller dog strax efter födelsen. Hon blev den tredje innehavaren av Maria-Lovisaorden, som instiftad 1792.