Den här artikeln behöver källhänvisningar för att kunna verifieras. (2020-06) Åtgärda genom att lägga till pålitliga källor (gärna som fotnoter). Uppgifter utan källhänvisning kan ifrågasättas och tas bort utan att det behöver diskuteras på diskussionssidan.

Malaysias MotoGP 2006 var ett race som kördes den 10 september på Sepang International Circuit.

Precis som året innan var det Valentino Rossi på en Yamaha och Loris Capirossi på en Ducati som gjorde upp om segern. Tvärtom mot året innan gick Rossi segrande ut striden, i en av MotoGP:s klassiska dueller. Dani Pedrosa kom på tredje plats, trots en bruten fot.

Plats	Förare	Märke	Grid	Kvaltid
1	Valentino Rossi	Yamaha	1	2.00,065
2	Loris Capirossi	Ducati	3	2.01,167
3	Dani Pedrosa	Honda	5	2.02,021
4	Nicky Hayden	Honda	2	2.01,043
5	Sete Gibernau	Ducati	6	2.02,181
6	John Hopkins	Suzuki	8	2.02,453
7	Kenny Roberts Jr.	KR	4	2.01,898
8	Casey Stoner	Honda	10	2.02,790
9	Marco Melandri	Honda	9	2.02,560
10	Colin Edwards	Yamaha	11	2.02,800
11	Chris Vermeulen	Suzuki	16	2.03,285
12	Carlos Checa	Yamaha	15	2.03,123
13	Randy de Puniet	Kawasaki	7	2.02,313
14	Makoto Tamada	Honda	13	2.02,918
15	Alex Hofmann	Ducati	17	2.04,706
16	James Ellison	Yamaha	18	2.05,023
17	José Luis Cardoso	Ducati	19	2.05,958
18	Toni Elías	Honda	14	2.03,102
19	Shinya Nakano	Kawasaki	12	2.02,832