Madison County är ett administrativt område (county) i delstaten Iowa, USA, med 15 679 invånare (2010). Den administrativa huvudorten (county seat) är Winterset.
Madison County utgörs till stor del av landsbygd och har endast cirka 10 invånare per kvadratkilometer, men närheten till Des Moines, som ligger ungefär mitt i delstaten Iowa, gör att det ingår i den stadens storstadsregion.
Countyt är känt som området där John Wayne föddes samt för att vara skådeplatsen för boken och filmen Broarna i Madison County (Bridges of Madison County).