Bauer har tävlat i världscupen sedan 1997 och haft sina största framgångar på 15 km-distansen. Den första världscupssegern kom i Nove Mesto på hemmaplan i januari 2003.
I mästerskapssammanhang är Bauers bästa placeringar silvermedaljer på 15 km klassiskt i OS i Turin 2006 och på samma distans i VM i Liberec 2009.
Under säsongen 2007/2008 var Bauer överlägsen. Dels vann han Tour de Ski 2007/2008 i överlägsen stil nästan tre minuter före tvåan Rene Sommerfeldt, dels vann han den totala världscupen[1] med 633 poäng före Sommerfeldt.
Bauer kom också trea i världscupen 2009/2010. Han tog den enda medaljen på en lång distans med silver på 50 km klassiskt vid världsmästerskapet i Nordisk skidsport i Falun 2015 där han gjorde ett smart val genom att som enda toppåkare byta skidor inför det avslutade varvet.