Av Muratoris skrifter kan nämnas Rerum italicarum scriptores præcipui (25 band, 1723–1751), Antiquitates italicæ medii ævi (sex band, 1738–1742), Novus thesaurus veterum inscriptionum (fyra band, 1739–1742) och Annali d'Italia (12 band, 1744–1749). En större samling av hans arbeten utkom i 48 band 1790–1810. Hans brevväxling (Epistolario di Ludovico Antonio Muratori) utgavs av Matteo Campori (flera band, 1901 ff.).