Botallo bragte åderlåtningen på modet i Frankrike såsom förment hjälpmedel mot allehanda sjukdomar, och hans bok De curatione per sanguinis missionem (1577) fick i detta hänseende stor betydelse.
Han försökte sig även på trepanation och gjorde förtjänstfulla rön i avseende på skottsår, vilka han i olikhet med sina föregångare behandlade såsom krossår och ej som förgiftade sår (De curandis vulneribus sclopetorum, 1560; flera upplagor).