Spelet följer i stort sett handlingen i de tre första Indiana Jones-filmerna (Jakten på den försvunna skatten, De fördömdas tempel och Det sista korståget) men har modifierats så att spelet består av sex banor per film. Mellan banorna visas korta filmsekvenser med scener från filmerna, men med 3D-animerade legogubbar i rollerna och lite mer humoristisk och barnvänlig handling.