Kystdirektoratet grundades 1868 som Statens Vandbygningsvæsen. År 1973 omorganiserades det som Kystinspektoratet, från och med 2001 under namnet Kystdirektoratet. Det sammanslogs 2017 med Naturstyrelsen. Det svarar för strandskydd och naturskydd i klittområden vid kusterna i Danmark samt i vissa inlandsområden som Limfjorden.