Kristians tyskpräglade uppfostran gjorde att han tidigt kom i beröring med den lutherska reformationen. Han bevistade med sin hovmästare Johan Rantzauriksdagen i Worms 1521.
Omedelbart efter faderns död 1533 lät Kristian hylla sig i Kiel som härskare över hertigdömena Slesvig och Holstein för sig själv och sina bröder. I Danmark lyckades han inte genast bli vald till tronföljare. Först 1534 hyllade honom en del av den danska adeln och först 1536 blev han efter grevefejden Danmarks kung. Härefter upptog han ett energiskt arbete på centralmaktens nyorganisation.
En allmän reduktion av kyrkans gods vidtogs efter riksdagen i Köpenhamn 1536, varvid biskoparna fängslats. Fullständig omläggning av förvaltningen följde, varigenom adelns maktställning bröts.
Samtidigt minskades riksrådets inflytande. Efter hand återställdes det goda förhållandet mellan kungen och stormännen, vilka känt sig hotade av förvaltningsreformerna och Kristians förkärlek för holsteinska medhjälpare, bland andra Johan Rantzau.[1]
Kristian III tillsatte 1543 en trolldomskommission i Malmö vilket ledde till att Gyde Spandemager utpekades som trollkona och avrättades genom bålbränning i Malmö året efter.
Hans (1545–1622), hertig av Slesvig-Holstein-Sönderburg 1564–1622, samt stamfader för linjerna Sönderburg, Glücksburg (det nuvarande danska kungahuset), Plön och Sönderburg-Augustenborg av huset Oldenburg