Den 25 juli1919utnämndes Ståhlberg till Finlands första president av senaten och svors in i ämbetet dagen därpå. Hans politik gick ut på att stärka Finlands ställning som självständigt land och försona de stridande parterna från inbördeskriget. Han tvekade inte att använda presidentens benådningsrätt och han inledde sociala reformer. När han styrt Finland i sex framgångsrika år avstod han att kandidera för omval, för att lämna ett gott föredöme för framtiden. Ståhlberg ställde dock upp i presidentvalen 1931 och 1937 men besegrades båda gångerna ytterst knappt. Hatet mot Ståhlberg från vissa grupper gjorde att han blev utsatt för en "skjutsning" av Lapporörelsen14 oktober1930 då han och hans fru Esterkidnappades från hemmet på Brändö och kördes i bil till Joensuu under hot om att tvingas över gränsen till Sovjetunionen.