San Martín föddes som son till en spansk officer i staden Yapeyú i Argentina. Han utbildades till militär i en militärskola i Madrid. Han slogs därefter i den spanska armén mot Portugal, i Afrika och mot Napoleon Bonaparte. År 1812 avgick han från den spanska armén och åkte hem till Argentina, där han var med i revolten.
Den 26 juli och 27 juli1822 mötte han Simón Bolívar i Guayaquil i tre möten bakom stängda dörrar och utan vittnen, där de planerade framtiden för Latinamerika. Här misslyckades det första försöket att skapa en enhetlig politik på sydamerikanska kontinenten med mål att bekämpa den utländska dominansen.
Den 3 augusti1821, alldeles efter självständighetsförklaringen den 28 juli, bildades i ett övergångsskede protektoratet Peru. San Martín utsågs till protektor, en post han hade till den 20 september1822. Den 8 oktober1821 var den permanenta konstitutionen interimistiskt i gång och den 17 december1822 stadfästes den. Den peruanska republiken hade tagit form.
Efter sin frus Remedios de Escaladas död 1824 reste han till Frankrike med dottern Mercedes, där han levde resten av sitt liv i Boulogne-sur-Mer.