Fernández hoppade av från Kuba via en farofylld båtresa när han bara var 15 år gammal. Under resan räddade han sin egen mors liv.[1]
Fernández spelade under sin MLB-karriär bara för en klubb, Miami Marlins. Han var en av klubbens mest framträdande spelare och ansedd som en av de bästa unga pitchers i hela MLB. Han slog igenom stort under debutsäsongen 2013 och utsågs till Rookie of the Year i National League efter att ha varit 12-6 (tolv vinster och sex förluster) med en earned run average (ERA) på 2,19 och 187 strikeouts på 28 starter. Hans ERA var näst lägst i National League. Han togs också ut till all star-matchen den säsongen.
De följande två säsongerna var Fernández mycket skadedrabbad. 2014 var han 4-2 med en ERA på 2,44 på åtta starter och 2015 var han 6-1 med en ERA på 2,92 på elva starter.
Fernández gjorde en fin säsong 2016 och togs för andra gången ut till all star-matchen. På 29 starter var han 16-8 med en ERA på 2,86 och han hade hela 253 strikeouts, vilket var nytt klubbrekord.[2] Han hade flest strikeouts per 9 innings pitched (12,49) i National League. Med bara cirka en vecka kvar av säsongen omkom han i en båtolycka.[1][3] Hans klubb Miami Marlins valde att inte spela sin match samma dag.[1] Senare uppgav klubbens ägare att klubben skulle pensionera Fernández tröjnummer 16[4], men detta har ännu inte skett.[5]
I februari 2017 rapporterades det att Fernández flickvän hade fött en dotter, Penelope, som Fernández var pappa till.[6]