Åren 1880–85 tjänstgjorde han som biträdande läkare vid ortopediska institutet. År 1885 utnämndes han till e.o. professor i kirurgi vid Karolinska institutet och biträdande överkirurg vid Serafimerlasarettet och innehade 1885–92 därjämte platsen som överläkare vid Kronprinsessan Lovisas vårdanstalt för sjuka barn. Åren 1893–1916 var han ordinarie professor i kirurgi vid Karolinska institutet och överkirurg vid Serafimerlasarettet och chef för dess ekonomi och förvaltning. Åren 1914–19 var han ledamot av Medicinalstyrelsens vetenskapliga råd, 1917–20 inspektör för vanföreanstalterna och 1918–19 ordförande bland sakkunniga för utredning rörande den medicinska undervisningen. Berg verkade även energiskt för tillkomsten av ett röntgeninstitut och Radiumhemmet. Årligen efter sitt tillträde till professuren utgav han Rapport från Kungl. Serafimerlasarettet och blev 1901 redaktör för den kirurgiska avdelningen av "Nordiskt medicinskt arkiv".
