Huizinga har skrivit arbeten i indisk filologi men är mest känd som författare till kulturhistoriska skildringar, främst Herfsttij der middeleeuwen (Ur medeltidens höst, 1919), en studie av liv, tankar och konst i Frankrike och Nederländerna på 1300- och 1400-talen. Han har även skrivit Wege der Kulturgeschichte (1930) och Erasmus (1925), en biografi över Erasmus av Rotterdam, samt Homo ludens (1938), en studie över lekens roll i kulturen. Han har även behandlat frågan om nationalmedvetandets uppkomst.
Ur medeltidens höst: studier över 1300- och 1400-talens levnadsstil och tankeformer i Frankrike och Nederländerna (Herfsttij der middeleeuwen) (översättning Hans Reutercrona, Fritze, 1927). Senaste utg. Lind & Co, 2007
I morgondagens skugga: en diagnos av vår tids kulturella onda (In de schaduwen van morgen) (översättning Signe Psilander, Fritze, 1936)
Den lekande människan (Homo ludens) (översättning Gunnar Brandell, Natur och kultur, 1945). Senaste utg. Natur och kultur, 2004
Erasmus (Erasmus) (översättning Ingrid Rääf, Natur och kultur, 1953)