Han var son till förvaltaren Johannes Christoffer Boklund och Ingrid Agneta Fernström och från 1858 gift med Karola Stuttgardter. Boklund fick sin första som 15-åring undervisning i teckning av ritläraren vid Lunds universitet Magnus Körner 1832–1836. Han fick även hjälpa Körner med teckningsuppdrag för universitetet och utomstående uppdragsgivare bland annat planscherna till Sven Nilssons fauna. Vid Köpenhamns konstakademi var han elev till J.L. Lund. År 1837 kom han till Stockholm och konstakademien.
I sällskap med Johan Fredrik Höckert begav han sig 1846 till München och uppehöll sig där under åtta års tid. Tavlan Den nyfikne trumpetaren, som han 1853 sände hem till Sverige, gav honom ett statligt stipendium som gjorde det möjligt för honom att fortsätta till Paris, där han 1854–1855 arbetade på Thomas Coutures ateljé. I december 1855 återvände han till Sverige.
År 1856 blev han efter sin hemkomst lärare vid akademien och utnämnd till professor. Samma år var han initiativtagare till bildandet av Konstnärsklubben. Åren 1856–1872 var han lärare till Karl XV. Boklund blev ledamot i kommittén för ordnande av nationalmuseets inredning och tillförordnad kamrerare vid dåvarande Kungl. museum 1861. År 1866 blev han intendent för Nationalmuseets konstavdelning och 1867 hovintendent, föreståndare för Karl XV:s tavelsamling samt direktör för Konstakademien. Han deltog som kommittéledamot i ordnandet av Nordiska konstutställningen 1866 i Stockholm.
