Jan van der Heyden företog fram till 1660 ett flertal studieresor till södra Nederländerna och till nedre Rhen i Tyskland. Förmodligen reste han även till Italien. Som målare utvecklade han tillsammans med bröderna Job och Gerrit Berckheyde stadsvyn till en självständig motivgenre. Med detaljrikedom, men inte alltid med topografisk noggrannhet, avbildade Heyden gator och torg i olika nederländska och tyska städer. Han utförde även några landskapsmålningar och stilleben.
Heyden var även verksam som ingenjör och uppfinnare. Införandet av allmän gatubelysning i Amsterdam omkring 1670 tillskrivs honom.