Indy Japan 300 2006 var ett race som var den tredje deltävlingen i IndyCar Series 2006. Racet kördes den 22 april på Twin Ring Motegi. Kvalet regnade bort, och startordningen avgjordes av mästerskapsställningen. Därför startade Hélio Castroneves i pole position, och han kunde också vinna tävlingen, med god marginal till tvåan Dan Wheldon. Tony Kanaan slutade på tredje plats. Med segern drog Castroneves ifrån till 42 poängs mästerskapsledning över Wheldon.
Slutresultat