Hohenstauferna kom därefter att inneha den tyska-romerska kejsartronen fram till 1254. Tysk-romerska riket steg under Fredrik Barbarossa, Henrik VI och Fredrik II till sin högsta makt, och under Fredrik II nådde striden mellan kejsare och påven sin höjdpunkt. Den siste tyske kungen av detta hus var Konrad IV. Släkten utslocknade på manliga linjen med Konradin, Konrad IV:s son 1268. Fredrik II:s illegitima söner Manfred och Enzio dog 1266 och 1272.