Sauppe specialiserade sig inom området epigrafik och är ihågkommen för sitt arbete med textkritik. Han var en vän av Sachphilologie, övertygad om att förståelse av språket kunde förvärvas inte endast genom analys av texter, utan också från andra discipliner som arkeologi och numismatik med flera.
Bland hans mer betydande arbeten kan nämnas Epistola critica ad Godofredum Hermannum och Oratores Attici (1838–1850). Det senare verket, som han gav ut tillsammans med Johann Georg Baiter, är en samling fragmentariska tal och traktater av attiskaretorer.