Lees första soloalbum, My Favourite Headache, släpptes år 2000. Förutom hans bidrag till komponerandet, arrangeringen och framträdanden med Rush har han även producerat album för flera andra band, däribland Rocket Science och han deltog även i inspelningen av "O Canada" (tillsammans med Alex Lifeson som framfördes på soundtracket till filmen South Park. Geddy Lee kan även höras sjunga på sången "Take Off" med the McKenzie Brothers (Rick Moranis och Dave Thomas) på ett komedialbum från 1981 The Great White North: Bob and Doug McKenzie. Sången blev en mindre hit.
Trots att han har varierat sin utrustning från tid till tid (bl.a. experimenterat med Steinberger och Wal basgitarrer), så har Lee länge favoriserat Rickenbackers basgitarrer (speciellt 4001-modellen som han använder till stor del i studio och liveuppträdanden genom hela 1970-talet och tidiga 1980-talet fram till albumet Signals) och Fender Jazz basgitarrer. År 2002, släppte Fender sin Geddy Lee Jazz Bass, en jazzbas byggd enligt Lees specifikationer och som han nu använder på sina turnéer. Förutom ett flertal estetiska förändringar har instrumentet uppgraderade vintageaktiga mikrofoner och ett BadAss II-stall.
Utmärkelser
Bass Hall of Fame - Guitar Player Magazine
6-faldig vinnare: "Bästa rockbas" - Guitar Player Magazine