I svenska cupen 1946 gick Gais, i likhet med övriga allsvenska lag, in i turneringen i andra omgången. Gais lottades mot IFK Göteborg och vann med 3–2 efter förlängning. I kvartsfinal mötte man Hälsingborgs IF, och förlorade hemma med 1–2, också efter förlängning.[4]
Efter det fina fjolåret tillbringade Gais stora delar av säsongen på gränsen till nedflyttningsstrecket. Man blandade fina insatser med rena bottennapp, och under vårsäsongen tog man endast en enda seger, mot tabelljumbon Billingsfors IK, som också var det enda lag som gjorde färre mål än Gais i serien.[5]