Fanø kommun är en kommun i Region Syddanmark i Danmark. Kommunen omfattar ön Fanø och ligger utanför Jyllandsnordsjökust, nära Esbjerg. De stora sandstränderna gör turismen, med cirka 30 000 besökare varje sommar, till en viktig faktor i öns ekonomi.
De största samhällena på Fanø är Nordby, Sønderho, Rindby och Fanø Vesterhavsbad.