Församlingen fick sitt första bönehus år 1700. !730 anhöll man av kungen om kapellrättigheter. Församlingen bildades som kapellförsamling under Pedersöre moderförsamling 12 juni 1732.[2] Den blev egen självständig församling 1865. År 1977 kom församlingen att ingå i Pedersörenejdens kyrkliga samfällighet.[3]
Församlingen upphörde 31.12.2019 när den tillsammans med Purmo och Pedersöre församlingar bildade en ny församling men namnet Pedersöre församling.
Särskilt kända präster
Abraham Achrenius, som kom att bli frontfigur inom den inom kyrkliga väckelsen i Finland, har verkat i Esse församling. En av hans psalmer "Jesus, korsets man" ingår i den finlandssvenskapsalmboken från 1986.[4] Kyrkoherdarna Bertel Söderholm[5] och Sigurd Norrgård[6] har också fått sina textbidrag publicerade i psalmboken.