Han godkändes av Stockholms byggnadsnämnd som byggmästare i april 1893 och erhöll 1903 burskap som bygg- och murmästare. 1905 blev han av Murmestare Embetet godkänd murmästare (mästare nummer 203). Mellan 1891 och 1897 var han lärare vid Tekniska skolan och anlitades ofta för värderingar och besiktningar av fastigheter.
Från 1893 och framåt uppförde han ett sextiotal nybyggnader, bland dem femton fabriksbyggnader, huvudsakligen i Stockholm.[1] Bland dem kan nämnas Heyman & Schönthals vaddfabrik i Liljeholmen (1894) och charkuterifabriken för Slagteri AB Norrmalm från 1906 (riven 1959, se Kadetten 29). 1909 stod han som arkitekt och byggmästare för den eleganta stadsvillan Sånglärkan 10 i Lärkstaden.[2] Byggherre var affärsmannen Paul U. Bergström som också bodde här till 1914. I samma kvarter uppförde han samtidigt jugendvillan Sånglärkan 6 efter ritningar av arkitekt Per Olof Hallman som även var byggherre och bebodde huset.[3]
Lindqvist hade många förtroendeuppdrag. Sedan 1907 var han suppleant i drätselnämndens andra avdelning och 1910–1920 ledamot där. Mellan 1912 och 1915 var han ledamot i rådhusbyggnadskommittén vid bygget av Stockholms rådhus. 1919 blev han verkställande direktör och styrelseledamot i Stockholms sjukhem. Efter 1924 var han suppleant i Stockholms stads byggnadsnämnd.
Erik Lindqvist var medlem i Odd Fellows Orden och gift med Olga Sandberg (1872–1962). Paret hade fyra barn. Lindqvist fann sin sista vila på Norra begravningsplatsen och gravsattes den 21 februari 1936 i familjegraven. I samma grav finns hustrun och tre av barnen.[4]