Biskopen i Strängnäs, Johannes Matthiæ Gothus, hade nämligen i några utgivna skrifter blivit beträdd med angrepp av de symboliska böckerna och misstänktes vilja åstadkomma en förening av den lutherska kyrkan och den reformerta. Bland hans motståndare uppträdde nu även Emporagrius, och slutet på striden blev att den gamle biskopen, halvt på egen begäran och halvt enligt dom, entledigades från sitt ämbete och Emporagrius insattes till hans efterträdare. Som innehavare av Strängnäs biskopsstol verkade Emporagrius i tio år innan han avled.
Emporagrius var en lärd och arbetsam man och som teolog förespråkade han starkt renlärigheten inom den lutherska kyrkan. Han skrev åtskilliga verk, till exempel Admonitio consolat ad obeundam pio et constanti animo mortem1629, Methodus Theologiæ1647, Likpredikningar (2 dekader 1653–1660), Oratio pro reddita Pace 1664 och Catechesens enfaldige förklarning1669. I den sistnämnda hävdade han i sin förklaring av tionde budet att hustrun borde räknas såsom det förnämsta stycket bland mannens lösören eller rörliga egendom, vilket gjorde änkedrottningHedvig Eleonora så arg att hon såg till att förbjuda skriften.
.jpg)