Erik Dekker blev professionell med det nederländska stallet Buckler 1992. Efter ett år bytte stallet sponsor till WordPerfect. WordPerfect bytte huvudsponsor till Novell 1995, men året därpå gick banken Rabobank in som sponsor. Stallet hette därefter Rabobank. Erik Dekker tävlade med det nederländska stallet tills han avslutade sin cykelkarriär. Dekker skulle ha avslutat sin karriär hösten 2006 men med anledning av en olycka under Tour de France 2006 avslutade han sin karriär efter det franska etapploppet. Sedan säsongen 2007 är Dekker sportdirektör i Rabobank.
Dekker blev utvald till bäste nederländske idrottare 2001.
Dekker vann Nederländerna runt1997, 2000 och 2004. Säsongen efter första segern i etapploppet, 1998, var han skadedrabbad.
Dekker lyckades vinna tre etapper i Tour de France 2000 trots att han varken är en spurtspecialist eller tillhör de bästa cyklisterna i sammandraget. Han vann också tävlingen som den mest offensiva cyklisten. Även under Tour de France 2001 vann nederländaren en etapp.
Erik Dekker vann Clásica de San Sebastián säsongen 2000. Han vann också de nederländska nationsmästerskapens tempolopp, en titel som han också hade 1996 och 2002.
Under säsongen 2001 vann Dekker Amstel Gold Race. I slutet av säsongen vann han också världscupen. Under säsongerna 2002 och 2003 var han återigen skadedrabbad, men vann trots det Tirreno-Adriatico 2002 och Grand Prix Erik Breukink 2003. Han kom tillbaka och vann den franska klassikern Paris-Tours 2004.
.jpg)