Församlingen utgjorde under medeltiden ett eget pastorat för att därefter till 1972 vara moderförsamling i pastoratet Enköping och Vårfrukyrka. Från 1972 till 2014 utgjorde församlingen ett eget pastorat.[4] Från 2014 ingår församlingen i ett utökat Enköpings pastorat efter att tidigare ingått i Enköpings kyrkliga samfällighet.[5]
Under medeltiden fanns i Enköpings två stadskyrkor, Sankt Olof, vilken numera är helt försvunnen, och Sankt Ilian. Sankt Ilian övergavs 1548 när Vårfrukyrkan blev stadskyrka. Sankt Ilians ruin från 1300-talet grävdes ut 1943-1946.
^Stift, kontrakt och pastorat i nummerordning med ingående församlingar 2020-01-01, SCB, läs online.[källa från Wikidata]
^ [ab] Medlemmar i Svenska kyrkan i förhållande till folkmängd den 31.12.2019 per församling, kommun och län samt riket, Svenska kyrkan, läs online.[källa från Wikidata]