Församlingen har medeltida ursprung. Församlingen utgjorde fram till 1300-talet ett eget pastorat för att sedan vara annexförsamling i pastoratet Höreda och Eksjö. Omkring 1500 delades församlingen upp i Eksjö stadsförsamling för Eksjö stad som grundats 1403 och Eksjö landsförsamling för övriga delen av socknen. Den 1 januari 1949 återbildades församlingen genom sammanslagning av stads- och landsförsamlingen och utgjorde därefter till 2014 ett eget pastorat.[4] Från 2014 ingår församlingen i Södra Vedbo pastorat.[5]
^Stift, kontrakt och pastorat i nummerordning med ingående församlingar 2020-01-01, SCB, läs online.[källa från Wikidata]
^ [ab] Medlemmar i Svenska kyrkan i förhållande till folkmängd den 31.12.2019 per församling, kommun och län samt riket, Svenska kyrkan, läs online.[källa från Wikidata]
